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新东京市的本部中。
碇源堂收到了来自松代的消息，冬月耕造在一旁汇报道：
“三号机被第十三使徒寄生，里面的驾驶员生死未卜。碇，麻烦事来了呢。”
“真嗣回来了吗？”他冷静地问。
“已经在安排专机回来了。”
“二号机的驾驶员……”碇源堂似乎想到了什么，他顿了顿说：“给初号机加装上傀儡系统。”
上次的机体互换实验中虽然出了事故，但大体上还算是成功的，至少验证了克隆人驾驶机体的可行性。给初号机加装傀儡系统，只是为了某种保障罢了。如果初号机的驾驶员心慈手软的话……碇源堂的眼神冷冽下来，正是考虑到这种可能性，他才会临时加装上傀儡系统。
从松代到东京的路程不远。
在专机的护送下，一行人很快就返回了地下都市。
此时的指挥室里，碇源堂正端坐在高台上，一旁冬月副司令侧立着，难得见两个司令都到齐，平常就算有使徒来袭，也不见他们两个的身影，责任全交到葛城美里和赤木律子的身上。碇真嗣有时觉得自己这个父亲说不定只是个吉祥物，像是什么点心店前摆着的揽客玩偶。
在他想这些有的没的时，赤木律子朝那边看了看，也没说什么，而是开始尝试救出明日香的方法。
“发出信号，强制弹出三号机的驾驶舱。”
在松代的时候。
三号机一下子就跑得没影了。
赤木律子打算让东京这边给三号机发出信号，看能不能先把驾驶舱弄出来，首先要保证明日香的安全才行。至于使徒，在她心中重要性反而不大，反而到最后也会被真嗣的初号机打倒。
“信号指令无法识别，弹出失败。”
“驾驶员呢？”赤木律子沉声问道。
“虽然还能侦测到里面驾驶员的呼吸和心跳，但恐怕……”
这可麻烦了。
连一旁的葛城美里都为此皱起了眉头，明日香还在三号机体内，投鼠忌器之下，很多作战计划都无法实施，现在使徒寄生的三号机已经离东京很近了，需要尽快想出办法，不然就要在城区开战了。
但这时却有人忽然说：
“从现在开始，完全放弃eva三号机，识别为第十三使徒，将其完全摧毁。”是碇司令，他直接下达了命令，“初号机和零号机出击，消灭掉使徒。”
碇真嗣没有动弹。
旁边的绫波丽本来下意识地想动身，但瞥见他的反应后，女孩的脚步便偷偷停了下来。碇真嗣看了葛城美里一眼，但美里小姐似乎还沉浸在碇源堂刚刚的命令中，这位女少校难得发问道：
“碇司令，这……”
碇源堂听见这个下属的发问，莫名有些不爽。
怎么回事？
他才是司令啊！为什么驾驶员们只听葛城这个作战部部长的命令？难道说在他不知道的时候，NERV的司令和副司令已经变成葛城美里和赤木律子了吗？这个中年男人不得不将话再次重复一遍，
“没听到吗？我说出击，把使徒完全消灭掉。”
葛城美里看起来似乎还想说些什么，碇源堂感觉自己的耐心正在快速消失，而就在这时候，有人越俎代庖地发号施令道：
“能解除三号机和明日香的神经连接么？”
“不行，还是无法切断。”
工作人员下意识地照做，屏幕上各项数据亮起，随后才意识到这命令来自初号机的驾驶员碇真嗣，而非高台上的碇司令。工作人员悄悄地看了一眼碇司令的脸色，见他面沉似水，心里不禁咯噔一声。
不好！
我这是被卷进本部的权力漩涡了吗？要选哪边站？是不是应该提前去买个保险？啊不对早就买过了啊，第一只使徒入侵东京市那天就买了。工作人员不禁松了口气。
其他同事就没有他联想力这么丰富了。
整个指挥室的气氛顿时压抑起来。
“就这么出击的话，里面的明日香怎么办？”碇真嗣主动挑破这个令人纠结的问题。
“那也没办法了。”
父子两人再一次地对视。
碇真嗣的眼神极为平静，但却隐隐燃烧着怒火，高台上的碇源堂淡然地望着他。之前在帮雾岛真名的时候，碇真嗣还在感慨那导弹连同那台机器人的驾驶员一起消灭，没想到马上轮到自己做类似的抉择，人生还真是无常，他继续开口说：
“不需要完全消灭，我会把明日香救出来的。”
“要是做不到呢？”
“我能做到。”碇真嗣又重复了一遍，“我一定会做到。”
“你……”
“你说没办法了不是吗？”
在碇司令说话前碇真嗣就打断了他，但高台上的中年人没有什么被打断说话的恼怒感，只是就这么凝视着他，你有这个自信吗？你能确保新东京市不会受到使徒的威胁吗？你拿什么来保证？碇源堂什么也没说，只是注视着这个儿子的眼睛。
“我去了。”
碇真嗣说。
两人没有再赌气下去。
因为这种时候就不应该继续赌气，碇真嗣自认为不是任性的人，说一声如果你不答应XXX我就不驾驶了当然轻松，但他不是撂挑子不干的人。况且没了初号机的话，还怎么救出明日香和消灭使徒？在他动身之后，缩在旁边试图降低存在感的绫波丽也终于行动起来，她小心翼翼地看了眼指挥室，然后把目光又投向自己喜欢的这个男孩。
两人前往更衣室的方向，要在那里面换上作战服。
只是这一次没有明日香一起并肩作战了。
指挥室里陷入长久的死寂。
工作人员们连大气也不敢喘一下。呼，还好，只是家庭伦理剧，还没到权力斗争那一步。真是不幸中的万幸啊。这就是城门失火殃及池鱼吗？要是现在在指挥室里大声说句话，会不会明天就因为左脚迈进本部而被司令开除？
“做好初号机和零号机的迎战准备。”
良久后还是赤木律子打破了气氛的僵局。
指挥室里的工作人员们终于敢开口说话了，不过都是轻声汇报数据，生怕惊扰了在高台上似乎在假寐着的碇司令。
机库中。
初号机和零号机正在被运送往地面。
到达地面后，它们将被专用运输机拉到第十三使徒的前进路线上，碇真嗣此时就在驾驶舱内，思考着该如何作战。虽然是夸下海口了，但他对于作战也只是隐隐约约有个想法罢了。明日香的驾驶舱还在被寄生的三号机体内，相当于是要从恐怖分子的手中救下无辜的人质。
这又不是美式救援。
况且还有个相当重要的问题。
三号机是在和明日香的启动同步实验中，被使徒寄生的。
神经连接切不断的话，也就是说，对第十三使徒造成的伤害，里面的明日香很可能也会同步感觉到。而有一个不知道是好是坏的消息是，明日香和三号机的同步率应该不会很高……要是能再低点就好了。
碇真嗣心里忽然升起这样的想法。
如果要强的明日香知道了的话，肯定会对他生气的吧。但要是同步率高到像他这种程度的话，碇真嗣不知道自己还能不能忍心下手。这个德国大小姐也不知道有没有体验过那样的疼痛，嗯，某种生理期的疼痛可不算。
明日香……痛就痛点吧，总比死掉好。
“我会去医院探望你的。”
碇真嗣先双手合十地在心里给她道歉了，执行部曾经向他们这批实习学员强调过，龙化后的混血种就不再是人类这一方，他过去也亲眼见证过一些这方面的事情，和现在这副场景是何等的相似，唯一的不同就是人质还有救出来的希望。他或许内心会感慨，但绝不至于下不去手。
初号机这时已经能在天空中看见远处正走过来的黑色机体了。当然，这里并不是预设的战场——附近没有武装大楼，自然也没有机体供电电缆。
等使徒进入预设战场时，已经是十几分钟后的事情了。
初号机和零号机挡在它的面前。
又是黄昏之时。
火烧云将天空染成一片血红。
一般的作战时，都是由初号机或者二号机作为主攻手。零号机身为一台原型机，明日香话糙理不糙，零号机不太适合正面战斗是真的，所以一直以来都是打辅助位。此时二号机因为缺少驾驶员无法出战，主攻的位置自然是碇真嗣的。
他观察着这台黑色机体驾驶舱的位置。
总之，这次的任务就是在不严重伤害到明日香的情况下，将使徒消灭掉，而且任何攻击都需要避开驾驶舱的位置。
他能做到吗？
“——初号机，出击！”
碇真嗣在心里说了一句，为自己加油。
第十三使徒追寻着第一使徒亚当的目光投向这边，它似乎意识到了眼前的两台机体会阻止自己，忽地停下了脚步。几乎是同一时间，初号机和零号机端起了突击步枪，瞄准了这寄生了三号机的使徒，打算先行以远程攻击让它露出破绽。
使徒还没展示过AT力场呢。
战斗一触即发。
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